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马来西亚主管对外贸易的政府部门是国际贸易和工业部，主要职责是：负责制定投资、工业发展及外贸等有关政策；拟定工业发展战略；促进多双边贸易合作；规划和协调中小企业发展；促进和提升私人企业界与土著的管理和经营能力。

马来西亚主要对外贸易法律有《海关法》、《海关进口管制条例》、《海关出口管制条例》、《海关估价规定》、《植物检疫法》、《保护植物新品种法》、《反补贴和反倾销法》、《反补贴和反倾销实施条例》、《2006年保障措施法》、《外汇管理法令》等。

马来西亚实行自由开放的对外贸易政策，部分商品的进出口会受到许可证或其他限制。

（一）进口管理

1998年，马来西亚海关禁止进口令规定了四类不同级别的限制进口。

第一类是14种禁止进口品，包括含有冰片、附子成分的中成药，45种植物药以及13种动物及矿物质药。

第二类是需要许可证的进口产品，主要涉及卫生、检验检疫、安全、环境保护等领域。包括禽类和牛肉（还必须符合清真认证）、蛋、大米、糖、水泥熟料、烟花、录音录像带、爆炸物、木材、安全头盔、钻石、碾米机、彩色复印机、一些电信设备、武器、军火以及糖精。

第三类是临时进口限制品，包括牛奶、咖啡、谷类粉、部分电线电缆以及部分钢铁产品。

第四类是符合一定特别条件后方可进口的产品，包括动物、动物产品、植物及植物产品、香烟、土壤、动物肥料、防弹背心、电子设备、安全带及仿制武器。

为了保护敏感产业或战略产业，马来西亚对部分商品实施非自动进口许可管理，主要涉及建筑设备、农业、矿业和机动车辆部门。如所有重型建筑设备进口须经国际贸易和工业部批准，且只有在马来西亚当地企业无法生产的情况下方可进口。

马来西亚国际贸易及工业部及其他部门负责进口许可证的发放及日常管理工作。

（二）出口管理

马来西亚规定，除以色列外，大部分商品可以自由出口至任何国家。但是，部分商品需获得政府部门的出口许可，其中包括：短缺物品、敏感或战略性或危险性产品，以及受国家公约控制或禁止进出口的野生保护物种。

此外，马来西亚《1988年海关令（禁止出口）》规定了对三类商品的出口管理措施：

第一类为绝对禁止出口，包括禁止出口海龟蛋和藤条；禁止向海地出口石油、石油产品和武器及相关产品；

第二类为需要出口许可证方可出口；

第三类为需要视情况出口。大多数第二和第三类商品为初级产品，如牲畜及其产品、谷类、矿物/有害废弃物；第三类还包括武器、军火及古董等。

国际贸易与工业部及国内贸易与消费者事务部负责大部分商品出口许可证的管理。

马来西亚检验检疫局建立于2011年，隶属于农业和农产品产业部，作为其下属的一个司负责所有入境口岸（包括海港、机场、陆地口岸以及邮件和快递收发中心）、检疫站、建议设施的检验检疫工作以及颁发有关植物、动物、冷冻肉制品、鱼类、农产品、土壤和微生物等产品的进出口许可证。

为防止动物传染病、寄生虫病和植物危险性病、虫、杂草以及其他有害生物传入，马来西亚政府对进口动植物实施检验检疫。如携带动植物入境，需事先向马来西亚相关主管部门申请进口许可证并在入境时遵守各项检验检疫程序。

马来西亚要求所有肉类、加工肉制品、禽肉、蛋和蛋制品必须来自经农业部兽医服务局检验和批准的工厂，所有进口产品必须获得兽医服务局颁发的进口许可证。

所有向穆斯林供应的肉类、加工肉制品、禽肉、蛋和蛋制品必须通过清真认证，牛、羊、家禽的屠宰场以及肉蛋加工设备必须获得伊斯兰发展署（JAKIM）的检验和批准。

（一）管理机构

马来西亚皇家海关是管理商品的进出口、边境控制以及贸易便利化的政府部门。

（二）管理制度

马来西亚关税有两种归类系统：一种用于东盟内部贸易，税则号为6位数字；另一种用于与其他国家贸易。国际贸易及工业部下属关税特别顾问委员会负责对关税进行评审，每年在政府预算中公布。

（三）关税水平

马来西亚关税99.3%是从价税，0.7%是从量税、混合税和选择关税。世界贸易组织公布数据显示，2016年，马来西亚最惠国关税简单平均关税税率约5.8%，农产品最惠国平均简单关税为8.4%，非农产品该税率为5.4%。

（四）金融管制

无论是马来西亚居民还是非居民，每次出入马来西亚所携带不得超过10000美元；无论是马来西亚居民还是非居民，每次出入马来西亚所携带外币或旅行支票数额不受限制，但如超过10000美元需向海关申报；非居民携带外币或旅行支票出境，如数额在入境时申报的数额内，不受限制；如需携带超过数额限制的现金或旅行支票出境，需事先向马来西亚国家银行取得书面许可。

（五）海关舱单

近期，马来西亚海关对关于海关舱单的规定做出了修改，自2018年10月1日起，规定要求所有从马来西亚进出口及中转的货物，客户必须提供样单中货物描述部分正确的６位货物HS编码。缺失HS CODE 或信息有误，将会影响货物在马来西亚清关放行，并可能造成海关罚款或其他责任后果。